Partneri projekta ZagEE su Grad Zagreb (voditelj projekta i Regionalna energetska agencija Sjeverozapadne Hrvatske (REGEA). Predloženi konzorcij podrazumijeva da ključni stručnjaci javnog tijela (Grad Zagreb) i energetske agencije REGEA rade na razvoju i provedbi projekta. Konzorcij se oslanja na jako iskustvo u vođenju europskih projekata, obzirom da oba partnera imaju dokazanog uspjeha u sudjelovanju kao i koordinaciji europskih projekata, što garantira efikasnu implementaciju projektnih aktivnosti.
Koordinaciju projekta ZagEE provodi Grad Zagreb, Gradski ured za energetiku, zaštitu okoliša i održivi razvoj uz sufinanciranje Fonda za zaštitu okoliša i energetsku učinkovitost.
