Na postajama posebne namjene prate se specifični pokazatelji onečišćenja zraka s obzirom na emisije poznatog izvora u zrak. Rad postaja posebne namjene nije u nadležnosti Grada Zagreba. Lokacije i program praćenja na mjernim postajama onečišćivača utvrđeni su rješenjem o prihvatljivosti zahvata za okoliš i/ili rješenjem o objedinjenim uvjetima zaštite okoliša odnosno okolišnom dozvolom, sukladno zakonu kojim se uređuje zaštita okoliša.
Na mjernoj postaji
Vrhovec kontinuirano se prati utjecaj rada postrojenja Elektrane-toplane (EL-TO) Zagreb operatera HEP-Proizvodnja d.o.o.; na mjernoj postaji
Jakuševec prati se kontinuirano utjecaj odlagališta otpada Prudinec/Jakuševec operatera Zagrebački holding d.o.o., Podružnica Čistoća.
Na mjernoj postaji
Mirogojska cesta, koja je u nadležnosti Nastavnog zavoda za javno zdravstvo "Dr. Andrija Štampar", kontinuirano se prati utjecaj cestovnog prometa u području zone Mirogoj.
Na području mogućeg utjecaja
Centralnog uređaja za pročišćavanje otpadnih voda Zagreba (CUPOVZ) provode se povremena mjerenja razina sumporovodika, amonijaka i merkaptana u zraku na mjernim postajama: 1-Biologija sjever, 2-Biologija jug, 3-GOK otkriven, 4-Mičevec i 5-GOK natkriven te na dvije dodatne mjerne postaje: 6-Resnik i 7-Ivanja Reka. Na mjernim postajama 1-Biologija sjever, 2-Biologija jug, 6-Resnik i 7-Ivanja Reka mjerenja se provode po mjesec dana u svakom godišnjem dobu, a na ostalim mjernim postajama po mjesec dana tijekom zimskog i ljetnog razdoblja. Od 3. srpnja 2025. provode se kontinuirana mjerenja koncentracija sumporovodika na mjernim postajama 3-GOK otkriven, 4-Mičevec i 5-GOK natkriven.
